Garantiza la administración eficaz y eficiente de los recursos financieros para el desarrollo de los programas del Instituto, en las mejores condiciones de seguridad, beneficio y rentabilidad. 

Recauda los ingresos presupuestados por concepto de cuotas, aportaciones y recuperaciones al Estado e instituciones públicas incorporadas al régimen de seguridad social del Instituto, verificando que éstas cumplan con los requisitos legales y estableciendo las medidas de vigilancia sobre el cumplimiento de los pagos correctos de las cuotas y aportaciones a que tengan obligación. 

De igual forma, controla la correcta aplicación de los egresos con base en el presupuesto aprobado, formula mensualmente los estados financieros consolidados del Instituto y sus relaciones analíticas. 

Además, presenta, a solicitud del Director General, información para la Junta Directiva sobre la situación financiera del Instituto. 

Entre otras funciones de pagos de la Subdirección de Finanzas, se encuentran la reposición de fondos revolventes, servicios subrogados, pagos a proveedores, prestadores de servicios, prestaciones de tipo económico y otras erogaciones necesarias para la operación del Instituto.