Evalúa la forma en que las estrategias básicas del Instituto serán conducidas. 

Atiende los informes que en materia de control y auditoría le sean turnados y vigila la implementación de las medidas correctivas a que hubiere lugar.
 
La Junta Directiva está presidida por el Director General, Mtro. Darbé López Mendívil, y celebra sesiones en forma ordinaria y extraordinaria.

Las sesiones ordinarias se celebran cuando menos una vez al mes y cuantas veces fueren convocadas por su Presidente; en tanto las sesiones extraordinarias se llevan a cabo cuando sea necesario para su debido funcionamiento. Su funcionamiento válido es con la asistencia de cuando menos cuatro consejeros, tres de los cuales deberán ser representantes del Estado: Poderes Ejecutivo, Legislativo y Judicial, o sus representantes debidamente acreditados. 

Sus decisiones se tomarán por mayoría de votos de los miembros presentes y, en caso de empate, el Presidente tendrá voto de calidad.